чем измерять напряжение на этом шунте?
Я представляю так: сам шунт небольшого сопротивления, например, 100 Ом. Измерять чем угодно, например входом ОУ. Да, есть опасность, что при КЗ к шунту приложатся все 50 кВ. Но на это я бы поставил защиту в виде послдеовательного резистора (выдерживающего 50 кВ) и стабилитрона. Резистор должен быть достаточно большой, чтобы не сжечь стабилитрон (например, 1 МОм), а вход усилителя дожен быть достаточно высокоомным (например, с полевиком на входе).