Я так понимаю от того, что флеш при записи недоступна, и функция прерывания не сможет быть прочтена и выполнена. У меня просто на EXTI висит датчик. которые дергает ножкой с частотой 8 КГц, сигнализируя о приходе новых данных. И иногда при записи флеша программа подвисает. Я так понимаю, пока флеш пишется приходит столько прерываний, что стек переполняется.