то есть на скрине выше — перечень модулей репла, большие блоки — это папки, маленькие вложенные — отдельные файлы
связей пока нет, но я зарёкся их рисовать пока не будет точно понятно, что схема реально умещается на экране. ну, как на скрине выше)
а можно так сделать: кликнул на кружок - показалась связь... повключал то, что нужно, обдумал; сбросил, перешёл к следующему куску