нашёл способ как делать автоматическую группировку зависимостей в схеме приложения: modular decomposition. этот приём по сути делит проект на папки по тому, к каким юнитам обращаются модули, иерархически: если все модули какой-то папки используются в приложении одинаково, то значит их можно объединить в группу