Чел ввел ник кому пишет, ввел сообщение, отправил, на сервере все сохранило.
Другой чел зашел на страницу, при загрузке странице запрос к бд - смотрит значение Message. Если оно поменялось, выводишь значок сообщений и к примеру ник, того кто написал. Чел кликает на значок сообщения, открывается страница - делается запрос и приходит вся история перепески