команда renew должна же обновить сертификат? Я так понял, что ключ работает отдельно. По успешности операции обновления работает перезапуск контейнера nginx
по событию в кроне запускатеся такой скрипт: #!bin/bash DOCKER="/usr/local/bin/docker-compose" cd /var/www/html/Laravel $DOCKER run --rm certbot renew --dry-run && \ $DOCKER kill -s SIGHUP nginx