Общие рекомендации по улучшению работы:
1. Обязательно ставьте пакет myspell-ru, если вы используете русский язык. Аналогично, myspell-uk для украинского, myspell-ro для румынского и т.д.
2. Если что-то не работает (неконвертит слова и т.д.), то запустите xneur в консоли и обратите внимание на вывод программы. Обычно, если курсор мигает, но не переключает раскладку, то в системе нет русского языка.
3. При всех прочих глюках опять же запускайте xneur в консоли и повторяйте события, приведшие к глюку. Потом присылайте лог автору c описанием последовательности действий.
4. При глюках уровень отладки выставляйте в "Трассировка" (в xneurrc опция LogLevel Trace).