ну смотри, если через менеджер, то этого не могло произойти. А если ставил через терминал, т.е. прописывал репозиторий то просто видимо забыл импортнуть ключь:
dpkg -s apt-transport-https > /dev/null || bash -c "sudo apt-get update; sudo apt-get install apt-transport-https -y"
curl
https://repo.skype.com/data/SKYPE-GPG-KEY | sudo apt-key add -
echo "deb [arch=amd64]
https://repo.skype.com/deb stable main" | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/skype-stable.list
sudo apt-get update
sudo apt-get install skypeforlinux -y