пользователей шаред хостинга не волнуют консистентные бекапы обычно)
Да вопрос не про консистеность. Вопрос сколько времени это количество мелких табличек будет бекапиться. Файлами всяко быстрее. Да и объем, видимо, немаленький. Сколько сейчас средний размер базы на shared? Кажется, с засильем всяких монструозных CMS, должно быть мегабайт 100.