это разный принцип создания соединений. Есть mate, когда делается некая зависимость между деталями - совмещение плоскостей и т.п. А тут другое - тут нужно выбрать две конкретные точки на компонентах.
сначала выравниваете алигном - это удобнее, он работает как ваш компас), потом закрепляете джоинтом. для закрепления есть ас билт джоинт - ему вообще направляющие не нужны никакие