Ну в отдельный файл сохранять, или в app.config
Смотря, в каком виде вы хотите их иметь. Если в открытом, в смысле, чтобы можно было открыть файл в редакторе и посмотреть настройки, то через JSON/XML сериализацию. Если в закрытом, то просто сериализовать в бинарный .dat файл, например.
Хотя, послушаю другие варианты.