Сложный вариант сработает только если синхронизацию делает тот же софт что и вносит изменения. А не так, что я типа перерендерил видеодорожку в видеоредакторе, а софт должен теперь пыхтеть над этими гигабайтами данных пытаясь найти хоть какие-то байты, которые не поменялись типа в целях экономии.
Ну можешь написать свою файловую систему, которая будет работать таким же образом и написать драйвер этой фс для винды/линухов. только...ээ.... Это куда изобрели и несколько раз. ZFS, ее производные и у HPE в их хранилищах 3par есть варианты с дедупликацией данных.