Совсем просто - сохранять копии всех изменённых файлов. Чуть сложнее - сохранять копии удалённых файлов, а для изменённых делать запись, какие байты на что изменены.
Сложный вариант сработает только если синхронизацию делает тот же софт что и вносит изменения. А не так, что я типа перерендерил видеодорожку в видеоредакторе, а софт должен теперь пыхтеть над этими гигабайтами данных пытаясь найти хоть какие-то байты, которые не поменялись типа в целях экономии.