Оно что? Новый проект чистый? У меня он грязный ). С чистым все и так понятно.
Я решил эту проблему. Стартует как положено. Но вообще изначально я негодовал на то, что проблема существует не только в плоскости тех кто заводит и использует user.clj но и в самом рантайме кложи, и со стороны некоторых товарищей выглядит не очень, кричать что "да я вообще его не использую", при этом не упоминать как использовать правильно.
Наверное нет правильного рецепта, user.clj просто будет загружен, если он присутствует в classpath. Поэтому клади его в dev/user.clj и в :dev профиле загружай.