Так ошибка или просто останавливается?)
Не моя область, но:
Что живёт в баш скрипте? Не факт, что он может повлиять на основную программу из саба, но всё же.
Теоретически, вместо кола можно попробовать Popen.
Система может убивать основной процесс из-за большого количества подпроцессов. Опять таки, в теории.