есть еще проблема с опциями mysql которая отвечает за уровень коммитов транзакций. как раз для innodb. 3 уровня. и по умолчанию может быть уровень финансовых систем. что дает дикие тормоза и мало толку. на сайтах можно смело менять уровень на попроще и получать существенный рост скорости. часто кратный.
но на сколько я знаю эта проблема должна проявляться только на очень больших и нагруженных БД. где идут миллионы операций в минуту. тут все слишком просто для таких проблем.