на сколько я понимаю, чтобы понять какие классы будут "видны" для контейнера в рантайме можно посмотреть в META-INF/plugin-components/component (уже собранного плагина)
Ну дык, ты же создаёшь если спринг без бута где-то AnnotationConfigApplicationContext(MainConfig.class) Вот над этим MainConfig у тебя стоит @Configuration и @ComponentScan