Если мне память не отшибает, где-то в спринге без Бута нужно ручками сделать что-то вроде
new AnnotationConfigApplication(...)
Первое: есть ли уверенность, что такой код вызывается?
Второе: могу посоветовать написать лтстенеры на евенты спринга, и хотя бы в лог выводить результат работы.
Третье: поставил для org.springframework уровень логировагтя TRACE. Тогда при старте контекста будет вся информация.
А что конкретно не работает? Есть логи?