Строительство мечети Кул Шариф началось в 1996 и закончилось в начале 2000-х. Ее открыли в преддверии 1000-летия Казани. Мечеть построена в память исторической соборной мечети Казани, которая была разрушена в октябре 1552, а ее последним имамом был сеид Кул Шариф.
Историки (их очень немного) полагают, что Благовещенский собор в Кремле был построен на фундаменте разрушеной мечети, или мечеть перестроена под храм. Если так и было, то ее перестроили капитально, потому что от киблы Благовещенский собор отклоняется очень сильно. Это интересное историческое расследование, которое не завершено до сих пор.