ну понятно что нативное всегда будет быстрее чем сриптовое
я честно говоря никогда не писал модули для заббикса, когда понял что любая ошибка в модуле приведет к падению всего агента, то остановился на скриптах, если упадет subshell ничего страшного, а вот если весь агент тогда уже есть проблема
Ну заббикс вообще местами странно работает. Я давно его не использовал, может что и поменялось, но когда последний раз с ним общался - он приносил боль даже на десятке серверов. Просто ни с того ни с сего из-за какого-нибудь косяка в конфиге агента можно было получить выключенную на сервере проверку. И ты никак об этом не узнаешь, не ткнув на список в интерфейсе.