Ок, повторюсь еще раз. Видимо плохо объяснил. Если ИБ отдел считает, что пользователю нельзя юзать прилоежние на рутованном девайсе - значит так тому и быть. Юзер не всегда может знатиь, что девайс рутованный. Поэтому это вынужденная мера.
Да, у него может быть китаец со встроенным рутом, который он даже при большом желании удалить не может