Налоговой будет всё равно. Что касается сроков, актов, этапов - у вас в договоре должен быть четко прописанный алгоритм что происходит после чего, чтобы не возникали такие вопросы, когда вы уже работу сделали. Если это была ваша форма договора - доработайте на будущее. Если клиентская - это то, на что стоит тратить время на этапе согласования договора.
На всякий случай уточню, если вы раньше положенного сделали какую-то работу, которая относится к последнему этапу - вы сделали эту часть этапа, тут проблем нет. Проблема только в отсутствии акта. Если какая-то часть клиенту не понадобилась: для таких вещей договор должен предполагать, что такие необязательные работы делаются только по запросу клиента. Иначе нужно через ДС уменьшать объем работ или хотя бы перепиской согласовать, что какие-то работы клиенту не нужны (но это вариант хуже).
И постарайтесь избегать любой зависимости сроков начала или завершения этапов от событий, на которые вы не можете влиять. В нормальных договорных отношениях это не принято и, либо это фиговая юридическая техника, либо с вами нехорошо обошлись.
Выставляйте закрывающий акт и счет. Пишите дополнительно сопроводительное официально оформленное письмо, что вы все выполнили, работу напечатанную на выставке видели (дата вашего посещения, название выставки, адрес), дополните вежливым напоминанием, что права им ещё не перешли, и "просьба оплатить в течение 3 дней с даты составления акта". Надеюсь, у вас в договоре не написано, что оплата в течение трех ней с даты "подписания акта".