Обычно установщик не имеет особой свободы кардинально менят разметку системного диска при обновлении. И он заранее не знает сколько разделов получится на диске в результате обновления. Поэтому действует по простому — меняет первичные разделы на логические (логических разделов может быть сколько угодно, а первичных только четыре). И да, утверждение, что загрузчик остаётся на системном разделеле — неверное (я запамятовал). Установщик обычно создаёт первичный раздел порядка 500-600 МБ под том "Repaire", в который обычно и помещает загрузчик.