Куда хотите. Докер удобно и быстро. Но в докере не все доступно для редактирования. Если только начинаете, то советую в докере. Там же есть и SQL (только саму базу выносите за пределы контейнера). Когда вырастите из докера, то просто поставите новый экземпляр отдельно и все. Для именно заббикса сразу советую зарезервировать отдельно доменное имя и на него уже средствами локального DNS резолвить. Т.е. когда вы перейдете от докера с простом его смысле (с ip контейнера=ip сервера с докером), то вам не придется перенастраивать клиентов. Просто поменяете IP на DNS и все.