В документации есть синтаксис logrt, см.
7.2.2.1 (Zabbix агент). То что сделано шелом можно повторить плагином для агента, т.к. в требованиях есть четкий интервал выборки логов и необходимость уникальности. Т.е. должен быть буфер-накопитель для данных.
Та проверка, которая есть вполне нормальна. Есть ли смысл хорошее менять на новое?