Если это готовое решение, то я себе так процедуру представляю:
1. Остановить zabbix-server.service на новом appliance
2. Удалить там базу, создать заново, создать пользователя, залить дамп от 2.0 (не думаю, что стоит поверх имеющейся заливать)
3. Запустить zabbix-server.service
4. Смотреть в лог сервера за процессом обновления