Дополнительные расходы при централизации. Так агент знает откуда тянуть настройки. А так надо генерировать конфиги для каждого агента. И в случае изменений снова их раскидывать. При сотнях и тысячах хостов это будет проблемой
базовый конфиг практически не меняется. другое дело, что базовых будет несколько. например, при нескольких прокси