пожтому сразу как щаметил перешел на read c /dev/random
#include "stdlib.h"
#include "stdio.h"
int main(){//start main
//objs init
char obj[10]={1,2,3,4,5,6,7,8,9,0};
char map[1000][1000];
//indexs
int i=0;
int i_i=0;
//for rand
int cntrnd=0;
//for my seed for srand
char mseed[8];
for(i;i!=1000;i++){
for(i_i;i_i!=1000;i_i++){
cntrnd++;
if(cntrnd==25000){
gets(mseed);
srand(atoi(mseed));
cntrnd=0;}
map[i][i_i]=obj[rand()%10];
printf("%d",map[i][i_i]);}
putchar('\n');}
}//end of main
1. gets() не нужен, юзай норм fgets(stdinf, buf, size)
2. Библиотечные заголовки надо в угловых скобках инклудить, чтобы компилятор их брал из системных путей
3. Я бы все же инициалищировал нулем индекс i_i в заголовке вложенного цикла, т.к. в противном случае получается, что вложенный цикл не будет выполняться после первого раза;