Вы спросили "насколько законно?". Для этого, в вашем случае, нужно два фактора:
1. Производство оборонной продукции
2. Использованиетдля этого ИС, АСУ или ЛВС
По п. 1: запись в реестре подтверждает, что вы сами заявили о том, что производите оборонную продукцию, и постоянно подтвеождаете это заявление
По п. 2: на этот вопрос можете ответить только вы сами. Но так ФСТЭК знает, что почти все современное производство автоматизировпно, вероятность того, что вы не используете автоматизацию, близка к нулю.
Поэтому да, у ФСТЭК есть все основания, считать, что вы - субъект КИИ.