Нет, не влияет. Компилируете вы ту часть прошивки, что будет внутри stm32. С точки зрения МК - обмен будет через ноги на которых работает USART3. МК вообще ничего про usb в данном случае не знает. А на плате стоит usb-uart преобразователь ch340, который и делает из uart в usb.
Вы бы лучше ссылки кидали, толку было бы больше. HT с вероятностью 99.9% будет некорректно работать со стоковой прошивкой. Если хотите на ней остаться, то нужно менять не только термистор, но и кубик. Термистор - стеклянный NTC3950 TYPE 1. Кубик типа Lerdge с фиксирующим винтом. Типа такого https://a.aliexpress.com/_ANyeZh https://a.aliexpress.com/_9GjWKL