Основное для препресса:
Раскладка: Препс, Сигна (кто что лучше знает)
Проверка, подготовка: Акробат с PdfToolbox + PitStop, Иллюстратор, Фотошоп.
Иногда в помощь Индизайн.
Для особо запущенных случаев RIP с последующим редактированием битмапов в Фотошопе.