В будущем буду ставить их в ~/.local/lib/ , чтобы не было таких проблем. Кстати, иногда возникает проблема, что нельзя вызвать программу из модуля, если он установлен в ~/.local/lib/ Насколько я понял, нужно просто добавить ~/.local/bin/ в $PATH
Насколько я понимаю, путь, куда устанавливаются модули, определяется при сборке пакета. Поэтому, по идее, переустановка пакетов из официальных репозиториев не даст эффекта, а вот из AUR можно. Но у меня есть такие, что установлены через pip
Пакеты в официальных репозиториях и так прилетают вместе с обновлением Python