можно дать команду пакману что б переустановил все пакеты в системе. так же можно сделать и с aur
Насколько я понимаю, путь, куда устанавливаются модули, определяется при сборке пакета. Поэтому, по идее, переустановка пакетов из официальных репозиториев не даст эффекта, а вот из AUR можно. Но у меня есть такие, что установлены через pip