если с периодом N минут вычитывается буфер из файла, который был заполнен не тобой - то все данные с прошлого раза затрутся новыми значениями. А коль у тебя динамический массив - у тебя будет потенциально мешанина из старых и новых значений, стоит один раз другой программе не успеть записать порцию в файл. а так оно и будет