Счет не выставляйте с НДС и все. НДС с вас ни кто не удержит.
Мнение ВС, что в контракте не может быть вариантов, с НДС или без НДС. Только с НДС.
ФАС попытался разъяснить, что в контракте должно быть предусмотрено 2 варианта, но ВС их разъяснения признал недействующими со дня написания.
В группе
@zakupki44fz выложены все эти письма и определения ВС. По поиску поищите, если подробности интересуют. Там же есть еще письмо письмо Минфина об этом.