Я думаю лучше спросить, когда такие перекрестке в городах начнут нормально организовывать разметкой, островками безопасности и пр) тогда и текущие правила рисования подойдут)
Вопрос. Что делать? Создавать новый объект или найти этот объект на НЯК и перенести (хотя его нет) Так не только со школами, но ещё и ФАП, магазинами...
В НЯК создаёте соответствующий объект (общеобразовательная школа, как здесь), ставите метку туда, где школа на ЯК, привязываете организацию из Яндекс.Бизнеса, переставляете метку туда, где школа расположена реально, сохраняете объект.