Изменение это редкость, поэтому удобство чтения приоритетней удобства изменения. Хотя не отменяет того что и о том и о другом удобстве надо заботиться.
да с .env понятно, просто смысл, вот разработчик ставит плагин с поддержкой конфига этого, ему прилетает конфиг в configs от комитит вылевает в прод, на проде эту же либу надо поставить
кстати, а с дев зависимостями как быть? вот у нас есть yii-debug, по идеи его конфиги есть в merge-plan, но при установке на проде мы ставим composer install —no-dev и там этих файлов не будет