Вернее не мержатся, а итоговый массив отсортирован в обратном порядке. То есть, например, провайдеры приложения идут позже провайдеров пакетов, что не есть хорошо.
видимо, сначала нужно брать конфиги основного пакета, как основу, и подливать в него конфиги зависимостей