Принципиально важен порядок в котором мержатся конфиги пакетов! Идея в том, что более главные (внешние) пакеты могут переопределять значения заданные в подчинённых пакетах (зависимостях). Для этого надо чтобы сначала мержились зависимости в порядке обратном вложенности, а корневой пакет в самом конце
Ну я же написал, здесь речь идет не о порядке мержа, а о порядке следования элементов массивов после мержа. То есть, элементы более внешних пакетов должны идти первыми.