у меня портал + 30 субпорталов у всех моделей есть поле portal_id в главном BaseActiveRecord прописаны Скоупы, которые во все критерии вписывают условие на текущий портал . portal_id = Yii::app()->controller->portalId и тд
Если нужно быстро и криво - сделайте отдельные приложения в отдельных папказ
точнее клоны БД, и разные коннекты из одного кода взависимости от департамента (у меня они субпорталы в nginx переписаны и ID в хедер выставляется) - вру не выставляется. гдето в другом проекте делал