Раньше у меня как раз так и было.
Было две филиальной сети в Яндекс Бизнесе.
Одна по узкой специализации, скажем "Компрессоры" с соответствующим сайтом (на котором один бренд от индексации закрыт, дабы не афилировалироваться со второй сетью).
Другая по монобрендовому сайту компрессоров скажем "Ремеза".
В каждой сети по 20 филиалов с одинаковыми адресами.
Яндекс слил в одну сеть эти две сети и в каждом из филиалов было проставлено по 2 сайта.
Теперь возникла необходимость добавить 21 филиал в сеть, но увы сделать это добавив два сайта в одну карточку нельзя.