Здороваясь Вы желаете человеку здоровья без подтекста
Когда же человек чихает и Вы ему говорите "будь здоров" - это звучит как:"сначала вылечись, а только потом появляйся рядом со мной"
Странно, мне кажется, что "Будь здоров" звучит как "А ну не смей заболеть! Слышишь?!)"
Типа того, ну или как в англоязычном вариание "Благослови тебя Господь"