Разобрался. Но, все равно какая-то путаница. В отчете "Пользователи" на карточке с визитом написано Яндекс.Директ: Не определено. А в отчете "Источники, сводка" отнесена к "Яндекс Директ", а не "Яндекс.Директ: Не определено".
Первый визит на сайт реально был по рекламе. Но это было аж в мае. А я смотрю отчет за этот месяц.