У моего хостера LE прям из панели управления подрубается, с автопродлением. Как у других - не знаю, но в крайнем случае должна быть ручная загрузка сертификата
там вроде идет запрос на акме челендж, в ответ идет название и содержимое файла, для верификации. потом идет запрос на верификацию, когда ты этот файл положишь в .well-known/acme_chalenge/ от корня сайта