только я что не понимаю - сертификат вы как используете? поднимаете на базе него вебсервис с https а у Алисы в чем различие? Она так же требует https вебсервис
во время регистрации вебхука вы можете отправить публичный ключ для проверки корневого сертификата сайта но это ведь однократная операция и вопрос доверия оператора сервису, а не сервиса пользователю