Чтобы установка прошла гладко, следует отказаться от обновления в всплывающем окне, перейти на вкладку Mi Flash, установить драйвера нажав на пункт Driver в верхнем меню. И только после этого перезапустить программу и согласиться на установку обновлений. Только в такой последовательности все проходит без каких либо заминок. Возможно в будущем эту проблему исправят, но пока только так.