Здравствуйте, если используете режим работы php как - FastCGI (Nginx + PHP-FPM), то там же в настройках домена, в панели хостинга - WWW-домены - Изменить укажите в параметре - FastCGI (Nginx + PHP-FPM) ЧПУ - Wordpress или другая cms
Или используйте другой режим работы php (как модуль Apache или CGI), что бы работали правила с файла .htaccess вашего сайта