1. Не повлияет, если все сделать правильно. Составьте текущую карту сайта, и новые url достраивайте с учетом имеющегося, чтобы избежать дублей, цикличности и тп. Если потребуется, всегда есть редиректы, которые для сео не критичны
2. Woo работает и с большим числом товаров очень хорошо. Обеспечьте шустрый сервер с хорошим объемом памяти и кэшируйте данные.
Как вариант, разверните мультисайт движка. Я бы сделал так. Тогда и текущее не будет зависимо, и баги масштабирования будут очевидны
3. Подводные камни есть, как и везде. Все перечислить сложно. Но все же посоветую не лить товар в текущую базу, лучше в отдельную, или как писал выше в мультисайт базу, со своим префиксом.
Если нужен хороший сервер, рекомендую взять у Beget. Это реально топовый хостер. За рекламу мне не платят )