сайт министервтва иностранных дел гласит: Долгосрочная виза (виза D) выдается сроком действия до 12 месяцев и сроком пребывания в Эстонии до 365 дней.
Долгосрочная виза – это внутригосударственная виза, дающая право передвигаться по всему Шенгенскому пространству до 90 дней в течение полугода.
Ходатайствовать о долгосрочной визе можно только в зарубежных представительствах Эстонии.
Тебе об этом уже сказали
http://vm.ee/ru/naibolee-chasto-zadavaemye-voprosy