В общем, я все-таки разобрался с проблемой, не без помощи Autoruns.
Оказалось, что запуск пунто и Volume2 дублировался в планировщике (возможно, я сам их туда добавил когда-то).
Punto я починил так: удалил из планировщика запись и переключил ещё раз в настройках приложения - он сам в shell:startup удалил/добавил ярлык.
С Volume2 чуть-чуть позаковыристее - помимо планировщика, была запись в реестре в HKLM\...\Run, видимо при установке от имени администратора. Из планировщика удалил, а вот из HKML удаляться не хотел, т.к., видимо, не хватало прав без повышения (UAC не появлялся).
В итоге удалил запись с реестра через Autoruns, а вот при попытке под пользователем включить в настройках приложения автозагрузку ключ в HKCU\...\Run упорно не хотел создаваться (спишу это на баг в бета-версии).
В итоге перетащил ярлык из shell:AppsFolder в shell:startup и так оставил.
Оба приложения теперь из shell:startup запускаются как надо.